Latvijas prezidentūras Eiropas Savienības Padomē sekretariāta primārais uzdevums ir sekmīga Latvijas prezidentūras Eiropas Savienības Padomē sagatavošana un īstenošana 2028. gada otrajā pusē.
Sekretariāts sadarbojas ar citām valsts iestādēm, starptautiskajām organizācijām un sabiedrību, lai plānotu, īstenotu un uzraudzītu prezidentūras pasākumus.
Sekretariāts ir ārlietu ministra pakļautībā esoša tiešās pārvaldes iestāde, kas izveidota uz noteiktu laiku līdz 2029. gada jūnijam.